Энрик Льедет, президент Клуба между 1961 и 1962 годами, попросил его не покидать клуб и предложил ему место в детской академии. Кубала согласился, потом получил место в основной команде, но по большому счету, у него нигде ничего не получилось . Кубала потерял бразды правления командой и был уволен в 1963 году, после того как команда вылетела из Кубка Ярмарок в матче против Красной Звезды из Белграда. Кубала решил изменить ход событий и в сезоне 1963-1964 принял предложение от Эспаньола, став играющим тренером вместе со своим большим другом Альфредо Ди Стефано.

После поиска новых стимулов, Кубала продолжал тренировать разные команды, такие как Мурсия, Эльче и Малага. Он даже тренировал швейцарскую и два канадские команды. Позже, он тренировал Испанскую сборную в течение двух лет.

Он вернулся в Барселону в 1980 году, а через пять месяцев снова покинул. Кубала умер 17 мая 2002 года в результате длительной болезни, которая в феврале этого года приковала его к постели больницы Барселоны.