Рафаэль родился 12 марта 1993 года в Сан-Паулу Бразилия, хотя у него испанское гражданство. Сын великого игрока прошлых лет Мэзиньо, Рафаэль 'Рафинья' Алкантара переехал в Испанию в молодом возрасте с его отцом, когда играл за Валенсию, Сельту и Эльче. В 2006, когда ему было 13 лет, Рафинья присоединился к своему брату Тьяго в молодежную систему ФК Барселона.

Рафинья - атакующий полузащитник и очень опасный в штрафной. Даже при том, что он не забивает большого количества голов, он забивал в течение всего времени в молодежной системе Барсы и выделился этим. Он также за сборную Испании До-16, До-17 и До-19, но выбрал играть за Бразилию и его позвали на южноамериканский чемпионат До-20.

Рафинья играл за Жувениль A и для за Барсу Б в сезоне 2010/11. Под опекой Луиса Энрике мальчик дебютировал во втором составе на Миниэстади против Хероны. С тех пор он стал постоянным игроком в составах Луиса Энрике несмотря на то, что очень молод.

Рафинья дебютировал с командой Пепа Гвардиолы 10 ноября 2011 против Оспиталета в Кубке Испании. Месяц спустя, 6 декабря, Рафинья играл со своим братом Тьяго впервые в официальном матче. Это было в Лиге Чемпионов против Батэ (4-0).

Прежде чем был отдан в аренду, он провел четыре матча за основную команду, трех из них в сезон 201/12 (две игры Лиги Чемпионов и одна Кубка). После сезона 2012/13 Рафинья согласился перейти в Сельту Виго, команду, за которую играл его отец. Тренером у которой был Луис Энрике.

Как игрок Сельты, Рафинья выделился талантом в центре поля. Он стал крайне важным для тактических схем Луиса Энрике, когда он провел 32 матча, 27 из них в основе, забил 4 гола и отдал 5 голевых передач. Кроме того, его назвал Игроком месяца в феврале 2014 года.

В первом своем сезоне 2014/15 с Барсой выиграл Ла Лигу, Кубок Испании и Лигу Чемпионов.