Хосе Мануэль Пинто пришел в Барсу 18 января 2008 года из Сельты, где он играл за в течение предыдущих десяти сезонов. Он пришел на правах аренды, но Барселона выкупила все права на него в конце сезона 2007-08.

В сентябре того же года со своей семьей переехал в Тенерифе и вернулся в клуб только через три года.

Родился в Пуэрто де Санта Мария (Кадис) 8 ноября 1975 года. Пинто начинал свою профессиональную карьеру в Андалусии. Проведя три сезона в Реал Бетис Б, затем перешел в первую команду и дебютировал за клуб в сезоне 1997-98. Год спустя он согласился переехать в Сельта Виго, где провел следующее десятилетие, прежде чем переехать на Камп Ноу в январе 2008 года.

Будучи замененный Тони Пратсом в Бетисе, Пинто решил перейти в Сельту, где он нашел стабильность и в итоге стал капитаном команды. Он провел 126 игр в первом дивизионе и 56 матчей во втором, а также регулярно играл в Кубке УЕФА с клубом и помог команде выйти в Лигу Чемпионов в сезоне 2003-04. Самое лучшее время Пинто было, когда он выиграл Приз Саморы, как лучший вратарь Лиги в сезоне 2005-06.

В том году Пинто пропустил всего 28 мячей в 37 матчах чемпионата (в среднем 0,75 за игру) и помог команде занять шестое место в высшем дивизионе и команда вышла в Кубок УЕФА.

Когда Сельта вылетела во Второй Дивизион, ФК Барселона купил его в январское трансферное окно, как прикрытие для Альберта Хоркеры, у которого была долгосрочная травма колена. Он приехал на правах аренды, но ФК Барселона заключила с ним постоянный контракт в конце сезона 2007-08, тогда он дебютировал в матче Лиги против Депортиво, а затем сыграл еще два матча.

В сезоне 2008-09 Гвардиола выбрал Пинто основным голкипером в Кубке. Андалусиец сыграл в каждом матче и особенно хорошо показал игру в полуфинале, не пропустив от Майорки, которые могли бы осложнить выход Барселоны в следующий этап. Он также играл последние матчи чемпионата, тем самым обеспечив Вальдесу Трофей Саморы.

С 2009-10 по 2010-11 он сыграл в общей сложности 21 матч, из-за того что основной вратарь Виктор Вальдес получил травму и потому что играл в Кубке Испании, в котором Барса вышла в финал. В последнем сезоне с Пепом Гвардиолой (2011-12), Пинто вновь использовался во всех кубковых матчах, команда завоевала титул в рекордный 26-й раз. 2 января 2012 года, Клуб подписал контракт с Хозе Мануэлем Пинто до 2013 года.