Подписан Барсой, когда еще играл на уровне U14, Исаак Куэнка упорно трудился, чтобы добраться до вершины. Когда играл в U16, он покинул клуб, а вернулся спустя три года, чтобы играть за первую команду U18. В сезоне 2010-11, он дебютировал в Дивизионе 2Б, когда был арендован Сабаделем и был одним из главных игрок в продвижении этого клуба.

Он вернулся в Барсу летом 2011, Пеп Гвардиола очень внимательно следил за его прогрессом и регулярно приглашал тренироваться с первой командой. Он был включен в основной состав на предсезонный тур и, наконец, дебютировал в Барсе 20 октября 2011 года, когда он вышел на замену вместо Давида Вильи против Виктория Плзень в Лиге Чемпионов.

Он приятно удивил, когда показаны тактическую дисциплину, Куэнка играл на фланге. Он вскоре восхитил своими точными кроссами и забил гол.

Куэнка вскоре адаптировался в первой команде и начал играть более заметную роль, как на тренировках, так и в играх, а 31 января 2011 года, заключил новый контракт с Клубом, через несколько дней Гвардиола объявил, что он будет постоянно играть в первой команде до конца сезона.

В сезон 2011-12, вингер укрепил свое место в команде и забил 4 гола в 30 матчах. Клуб был впечатлен его отношением и способностями, а также продлил контракт до июня 2015 года. Тем не менее, игрок получил серьезную травму мениска правого колена в конце сезона, и не принимал никакого дальнейшего участия в кампании.